Η πέτρα στα νεφρά μπορεί να εκδηλωθεί με διαφορετικούς τρόπους, από τον οξύ έντονο πόνο (κολικός νεφρού) μέχρι και την πλήρης απουσία συμπτωμάτων.

Ο κολικός νεφρού είναι από τους μεγαλύτερους πόνους που μπορεί να βιώσει ο άνθρωπος και οφείλεται στην απόφραξη που προκαλεί ο λίθος και εντοπίζεται στην πλάτη στο ύψος του νεφρού που νοσεί με αντανάκλαση στην κοιλιά από την αντίστοιχη πλευρά. Συνήθως ο κολικός τους νεφρού συνοδεύεται από συμπτώματα ναυτίας και εμετού, ενώ ο ασθενής είναι εξαιρετικά ανήσυχος και ο πόνος δεν υποχωρεί ούτε με την κατάκλιση. Ο κολικός συνήθως δεν υποχωρεί χωρίς φαρμακευτική αγωγή, ενώ σε ορισμένες περιπτώσεις χρειάζεται ακόμα πιο δραστική παρέμβαση με την τοποθέτηση ειδικού stent (Ουρητηρικός καθετήρας) για να αντιμετωπιστεί η απόφραξη που προκαλεί τον πόνο και σε δεύτερο χρόνο να αντιμετωπιστεί και ο λίθος.

Μια πέτρα επίσης μπορεί να προκαλέσει μια εξαιρετικά επείγουσα κατάσταση που ονομάζεται αποφρακτική πυελονεφρίτιδα, όταν η πέτρα έχει προκαλέσει απόφραξη που συνυπάρχει με ουρολοίμωξη. Σε αυτή την περίπτωση ο ασθενής εμφανίζει έντονο πόνο στο νεφρό που πάσχει, ενώ παράλληλα συνυπάρχει υψηλός πυρετός (39ο C και άνω) και ο ασθενής είναι εξαντλημένος με μυϊκή αδυναμία και κόπωση. Η κατάσταση αυτή είναι αρκετά σοβαρή και η χορήγηση αντιβίωσης από μόνη της δεν είναι αρκετή για να αντιμετωπίσει την ουρολοίμωξη και, αν δεν αντιμετωπιστεί παράλληλα και η απόφραξη από την πέτρα, μπορεί ραγδαία να εξελιχθεί σε σήψη. Η θεραπεία είναι η τοποθέτηση ειδικού stent για την αντιμετώπιση της απόφραξης και η χορήγηση ενδοφλέβιας αντιβίωσης ενώ η νοσηλεία του ασθενούς είναι επιβεβλημένη. Βέβαια απαραίτητο κρίνεται να αντιμετωπιστεί και ο λίθος σε δεύτερο χρόνο για να δοθεί οριστική λύση.

Σε ορισμένες περιπτώσεις η πέτρα μπορεί να μην δημιουργεί κανένα σύμπτωμα. Αυτό μπορεί να οφείλεται σε διάφορους λόγους όπως για παράδειγμα στην περίπτωση μικρών λίθων στον κάτω πόλο του νεφρού που δεν προκαλούν απόφραξη και δεν δημιουργούν συμπτώματα και χρήζουν μόνο παρακολούθησης. Σε ορισμένες περιπτώσεις για άγνωστους συνήθως λόγους λίθοι που προκαλούν απόφραξη, ακόμα και μεγάλοι κοραλοειδείς λίθοι δεν δημιουργούν συμπτώματα, είτε δημιουργούν πολύ ήπιες ενοχλήσεις, με αποτέλεσμα να κινδυνεύει ακόμα και η λειτουργία του νεφρού που πάσχει αν δεν διαγνωσθεί και αντιμετωπιστεί ο λίθος.