Οι λίθοι μπορεί να διαχωριστούν σε διάφορες κατηγορίες.

Με βάση το μέγεθος σε λίθους ως 10 χιλιοστά, λίθους 10 με 20 χιλιοστά και λίθους άνω των 20 χιλιοστών. Οι πολύ μεγάλοι λίθοι που καταλαμβάνουν όλο το νεφρό ονομάζονται κοραλοειδής λίθοι.

Με βάση την θέση οι λίθοι μπορεί να διακριθούν σε λίθους του νεφρού, της πυελοουρητηρικής συμβολής του ουρητήρα και της ουροδόχου κύστης.

Με βάση την σκληρότητα τους, όπως αυτή χαρακτηρίζεται από την αξονική τομογραφία οι λίθοι διακρίνονται σε μαλακούς λίθους ( <1000 Hounsfield Units) και σε σκληρούς (>1000Hounsfield Units).

Ένας από τους συνηθισμένους τρόπους διαχωρισμού των λίθων είναι με βάση την σύσταση τους.

Οι λίθοι γενικά μπορεί να διαχωριστούν με βάση την σύστασή τους, σε λίθους που περιέχουν ασβέστιο και λίθους χωρίς ασβέστιο. Το ασβέστιο είναι το πιο συχνό στοιχείο των λίθων και αποτελεί δομικό συστατικό στο 75% των λίθων. Οι πιο συχνοί λίθοι ασβεστίου είναι οι λίθοι οξαλικού ασβεστίου που αποτελούν το 60% όλων των λίθων, ενώ οι μικτοί λίθοι οξαλικού ασβεστίου και υδροξυαπατίτη αποτελούν το 20% των λίθων.

Από τους λίθους χωρίς ασβέστιο οι πιο συχνοί είναι οι λίθοι ουρικού οξέος (7%) και οι φλεγμονώδεις λίθοι (λίθοι που συνδυάζονται με συγκεκριμένα βακτήρια στα ούρα) του Στρουβίτη (7%). Οι κληρονομικοί λίθοι κυστίνης που υποτροπιάζουν συνεχώς εμφανίζονται σε ποσοστό περίπου 1-3%.

Παράλληλα υπάρχουν και άλλοι λίθοι κληρονομικοί, όπως της ξανθίνης ή λίθοι που οφείλονται στην λήψη συγκεκριμένων φαρμάκων, όπως οι λίθοι από Ινδιναβίρ, οι οποίοι όμως είναι εξαιρετικά σπάνιοι.